Virus y antivirus

Hola soy muy pardillo con esto. Vamos a ver, si paso el antivirus me pone que tengo unos 600 virus, si le doy a la opción de limpiarlo luego la mitad de los programas que tenía instalados y medio windows se queda completamente dañado y destrozado porque me dice que faltan cinquentamil archivos (las consecuencias del antivrus)
He vuelto al punto restauración que creé justo antes del antivirus para recuperar todo, con los 600 virus claro.
Me gustaría saber como pasar el antivirus sin joder esos archivos. Gracias. Por cierto, no tengo el CD del windows o de los archivos el ordenador